Дирекция "Регистриране, лицензиране и контрол" има следните функции:

• Организира издаването на лицензи и удостоверения за регистрация, води регистри, провежда превантивен и последващ контрол върху изпълнението на задълженията на лицензополучателите при производство на компактдискове; на производителите на етилов алкохол от земеделски произход, дестилати и спиртни напитки, прекурсори.
• Прилага мерките на търговската политика, свързани с вноса и износа на стоки от и на територията на Република България; води и поддържа регистър за търговските намерения по нормативно определения кръг от стоки; приема, обработва и издава документи за внос и износ в съответствие с конкретния нормативен акт.
• Извършва и други дейности, свързани с лицензионни и регистрационни режими, които са възложени от министъра.
• Осъществява взаимодействие с "Национален институт за изследване на вино, спиртни напитки и етерични масла" - ЕООД.
• Администрира регулативни режими за прилагането на задължителни нетарифни мерки в рамките на ЕС, свързани с количествените ограничения на търговията между ЕС и трети страни.
• Участва в подготовката на становища, позиции, анализи и информации във връзка с участието на българската страна като активен наблюдател в работата на институциите на ЕС - за съответните работни групи, комитети и други работни форуми, включително за неформални контакти, и участва със свои представители.
• Подпомага дирекция "Икономически политики за насърчаване" при изпълнението на инициативи в областта на по-доброто регулиране и при подготовката на конкретни предложения за отпадането и/или облекчаването на съществуващи административни режими.
• Участва в разработването на прогнозите и проектобюджета на министерството, както и в изпълнението на програмите от програмния бюджет.